针对甲型H1N1流感疫苗安全性的疑问，卫生局强调，甲型H1N1流感疫苗采用和季节性流感疫苗完全相同的工艺流程制作，而每年有数千万人接种季节性流感疫苗，具有极佳的安全性。在发现1976年美国使用的一种流感疫苗和格利-巴利综合徵有较密切的关系后，科学家们对1977年以来使用的流感疫苗和格林-巴利综合徵的关系作出大量的研究。大部分研究没有发现两者之间存在关系，只有2个研究发现接种者的格林-巴利综合徵的发生率比一般人高出百万分之1。一般人群格林-巴利综合徵的年发生率为百万分之10至30。
每天都有人发生各种各样的疾病乃至死亡，当进行大规模接种时，不排除有些和接种完全无关的疾病乃至死亡会在接种后一段时间发生。根据美国疾病预防控制中心的资料，美国每年有4000至9000人罹患格林-巴利综合徵，平均每周有140人。在目前每天接种数十万人的情况下，很难排除有人会巧合地在接种后发生这种疾病。目前全世界已接种数千万剂，完全排除有人会在接种发生各种疾病乃至死亡是不可能的，但这并不一定表示这些情况是由疫苗引起的。到目前为止，已有超20个国家开始了大规模的甲型H1N1流感疫苗的接种运动，并没有发现有严重疾病或死亡有异常增加的情况出现。世界卫生组织和各国政府更有信心地认为，甲型H1N1流感疫苗和季节性流感疫苗有同样良好的安全性。
鉴於感染甲型H1N1流感出现严重并发症的风险远远高於接种疫苗可能出现的并发症的风险，卫生局认为接种疫苗是防控甲型Ｈ１Ｎ１流感最好的方法。 国家卫生部对1000万人接种的监测，发现严重过敏反应的发生率为百万分之1.4，这和过往其他国家的研究结果相似。卫生局已加强了针对过敏反应的人员培训和物质准备。
