至2009年7月17日爲止，本澳共处现102宗甲型H1N1流感确诊个案，其中输入个案66例，本地个案36例。首例个案於2009年6月18日确诊。在输入个案中，较多来自香港(10例)，澳洲(9例)、泰国(8例)、菲律宾(7例)、印尼(7例)、英国(4例)、希腊(4例)。 在所有个案中，有9人(8.8%)是被口岸医疗辅助队发现后，转至仁伯爵综合医院就诊的；60人(58.8%)因不适而自行到医疗机构就诊；另有33人(32.4%)是在卫生局跟进密切接触者时发现的。其中，共有男性患者54人，女性患者 48人，年龄介於4个月至63岁，当中输入个案以15至29岁的青年最多，其次是5-14岁儿童，两者相加占全部输入个案的82%。而在本地个案当中，各年龄层的患者均有，又以小於5岁者最多 (10人, 占本地个案28%)。 直至目前，大部分个案的潜伏期均很短，约只是1天至5天。病人的症状以发热最常见（94%），80%有咳嗽，52%有咽痛，39%有流涕，且病情均不严重。至今无人出现并发症，且大部分个案患者亦能在7天内痊愈。在有明确传染源的个案中，传染大部分发生在家庭；目前累计有10个家庭内传播个案，其中一家庭共有6名成员患病。 另外，本地至今未录得工作同事间发生传播，或患者同机旅客被传染的案例。
学校内传播在其他地区是一个重要的疫症传播途径，在本澳却未见一样；主因是本澳出现本地传播的时间较迟，疫情出现在大部分学校已放假，暑期班亦已根据协调中心的指令停办。故此，只有两个传播案例发生在学校，包括一个在蔡高中学(停办暑假班要求下逹前半日的暑期班)，以及近日圣罗撒女子中学的暑期加强班。另外，有2间托儿所发生了传播。 虽然至今亦录得2名医务人员发病个案，但两人均是被家中在托儿所受托的儿童传染，显示医务人员已有足够的训练和保护，在工作中受感染的机会不大。只有一名卫生局的技术人员在工作中受到感染。值得留意的是，2个群集发生的输人性个案，是在前往外地参加体育比赛中发生，包括前往希腊雅典参加儿童奥运会4名队员和近日前往新加玻参加击剑公开比赛的2名队员。 虽然目前在本澳发现的新流感个案都不严重，但世界其他地区的经验表明，当病例增加时，会出现严重个案甚至死亡个案，因此，卫生局呼吁市民切勿掉以轻心。根据世界卫生组织指引，卫生局亦已将工作的重点从防止传播转移到妥善诊治病人上，将逐步对患者实施家居治疗，卫生局将根据患者的具体情况判断患者是否适宜进行家居治疗，并透过电话家访对患者进行跟踪观察。此举并非表示卫生局不重视病人的治疗，而是希望腾出更多的资源，集中到发现和治疗危重或有危险因素的病人身上，并将加速对甲型H1N1流感疫苗与普通流感疫苗的采购工作，及时为高危人士免费注射肺炎链球菌。 因应早前估计本澳从外采购之疫苗可能於九月份抵澳一事，卫生局负责人表示：本澳已向全世界三大的疫苗公司询价，只有意大利的疫苗公司能最早在11月提供20万剂疫苗，且相信其疫苗实效应较爲可靠。据报道，香港方面的疫苗需要在12月份才能到货。现时，卫生局正努力向其他采购地采购疫苗。另外，世界卫生组织总干事陈冯富珍亦曾质疑比预期快速生産的疫苗的功效，认爲有疫苗供应不等於这些疫苗已证实安全。
