澳门新监狱在设计上特别引入中水回用系统，为本澳首个引入中水回用系统的公共工程，率先实现了中水回用的示范工程。政府期望引用环保建筑措施，藉此能达至节约用水、充份利用水资源的目标，以配合特区政府致力推动构建节水型社会的目标。 有关中水回用系统，其运作是对新监狱每日产生的废污水先进行分流。污水(如坐厕排出的)汇入城市污水管网，至於废水(一般是指洗手和淋浴后的用水)则引到设在新监狱内的中水收集系统，然后再经中水处理站，透过废水净化系统进行净化后再循环利用。而整个废水净化过程，先经过专门对污废水生化处理的装置---“曝气池”，利用高浓度的“活性污泥混合曝气”将中水里的微生物、色味及悬污物等氧化分解、降解，再通过放置於其中的多个“薄膜过滤系统”，将当中的水分子通过毛细管的原理，经由薄膜系统的薄膜（纳米技术）将水分子过滤收集，然后经沉淀池、消毒等程序后，达到回用的标准后再循环利用，实现废水资源化。 经处理后的水会通过中水供水系统进行再利用，有关中水可用於冲厕、绿化灌溉、道路清洁等，既可节省水资源，又可使废水无害化，起到保护环境、防止水污染、缓解水资源不足的重要作用。 近年，政府积极推动环保建筑，故在公共工程已逐步引入环保建筑概念，当中制订了公共工程环保建筑的工地施工指引；此外，为鼓励建筑界使用环保建材，以及采用环保建筑设计，落实减排节能的施政方针，政府已逐步在公共工程的设计加强环保元素，并在招标案卷中订明环保的要求，增加建筑物绿化及节能设施。
