为进一步了解在澳门传播的爱滋病病毒的特性，卫生局在2006至2007年期间与香港中文大学医学院合作，对澳门发现的爱滋病病毒进行了分子生物学的详细分析，发现澳门传播的CRF12_BF亚型和其他地区流行的亚型有轻微差异，有关研究最近有了结果并於近期发表在国际医学期刊上。爱滋病病毒发生变化十分常见，澳门作为国际城市，有独特的文化背景，每日有大量来自世界各地的旅客到访，输入其他国家的流行的病毒亦很难避免。卫生局对感染这些亚型病毒的人士进行追踪，发现这些病人的症状和其他感染者一样，而且对治疗都有良好的反应。 卫生局一直对本澳的爱滋病流行模式进行监测，其传播方式主要通过不安全的性行为、共用针具和母婴传播等进行。 2004年前，不安全的性行为是本澳爱滋病病毒传播的主要方式。2004年，卫生局发现和共用针具有关的爱滋病感染者突然有所增加，经进一步分析，发现是由亚太区较少见的CRF12_BF亚型所引起。 爱滋病毒分为两个亚型：HIV - 1和HIV - 2型。按病毒的基因排序，HIV - 1可进一步分为多种不同的亚型及重组亚型，CRF12_BF则属其中一种重组亚型，过住主要在南美洲地区发现，在欧洲某些地区亦曾出现。 为了控制爱滋病在吸毒人群的蔓延速度，特区政府在2005年成立了防治爱滋病委员会，由当时的社会文化司司长崔世安亲自领导，成员包括卫生局局长、社工局局长、教青局局长以及多个政府和非政府部门的代表。在防治爱滋委员会的领导下，特区政府采取了多项措施，包括加强对吸毒人士的教育、大力推行美沙酮的替代治疗计划、清洁针具计划等一系列措施，使情况迅速得到控制，并使共用针具而新感染爱滋病病毒的人数逐年下降。 2009年新通过的禁毒法，对预防和控制爱滋病的蔓延提供了更多的法律依据。
卫生局强调，美沙酮计划不仅对降低吸毒人士感染爱滋病病毒的风险非常重要，也对他们重返社会十分重要。希望市民不要以歧视的眼光看待这些吸毒人士。
