流感大流行是世界各国公认的对公共卫生影响最大的疾病。流感病毒是极易传播的病毒，当一种新的流感病毒出现并可在人类有效传播时，就会形成世界性的大流行。在20世纪以来人类发生的三次流感大流行，每次均对人类造成巨大的影响，其中以1981的的一次最为严重，造成全球超过2000万人的死亡。因此世界各国政府均十分重视流感大流行的准备和应对工作。流感疫苗接种是防控流感最好的措施。 新的甲型H1N1流感在2009年4月在墨西哥流行时，造成了严重的后果。2009年6月世界卫生组织宣布新的流感大流行出现时，卫生局已开始通开公开招标订购流感疫苗。根据近年来流感疫苗的研发经验，人体对新流感病毒制成的流感疫苗反应较差，需要2剂接种才有效。当时世界各国专家均认为，每人要接种甲型H1N1流感疫苗2剂才有效。为了确保每位居民都应受到保护，卫生局按每位2剂的数量订购了1百万剂甲型H1N1流感。2009年9月份各地的临床试验结果出炉后，发现大部分人只需要1剂，老人和儿童才需要接种2剂，卫生局立刻和供应商商议，退回30万剂疫苗，将疫苗的采购量减少至70万剂。至2010年1月，由於疫情相对温和，很多市民又担心不良反应，接种的人数未如预期，故此卫生局和药厂磋商将供应总量减少至45万。此数量可满足一旦疫情突然加重时市民接种意欲增加的情况。 目前澳门已接种了115628剂甲型H1N1流感疫苗，占采购量的25.7%，成绩较邻近地区稍好。近期邻近地区仍不断出现包括过往健康良好的甲型H1N1流感患者重症和死亡的个案，而澳门则没有类似的情况出现，这和本澳较高的接种率不无关系。 卫生局强调，世界各地监测和研究结果进一步证实甲型H1N1流感的安全性；虽然大部分感染甲型H1N1流感的病人病情不重，但仍有出现重症和死亡的风险，卫生局仍建议未接种的人士接种。卫生局将继续提供甲型H1N1流感疫苗接种直至今年9至11月份疫苗有效期届满为止。 由於预计不会再有太多的市民接种，卫生局正考虑和世界卫生组织商议，将部分剩馀的疫苗捐赠予有需要的国家和地区；同时正考虑和供应商商议，探讨在未来数年内以同等金额的季节性流感疫苗和其他疫苗进行交换的可能性。
