大流行甲型H1N1流感疫苗接种工作第二阶段工作已在2010年2月28日告一段落。 截至2月28日，已有113,767人次接种了甲型H1N1流感，人口接种率约为20.7%。 其中包括33245名中小学生和幼稚园学生。中小学生的接种的接种覆盖率平均超过43%。 卫生局估计，目前的防疫接种覆盖率虽未能完成控制甲型H1N1流感在澳门的流行，但对降低流行的规模和影响有重要意义。 2009年4至5月期间，新的甲型H1N1流感病毒首先出现在墨西哥，迅速向世界各国扩散。世界卫生组织在2009年6月11日宣布新的甲型H1N1流感病毒已造成世界性大流行后，卫生局立即着手甲型H1N1流感的疫苗采购工作，在2009年11月23日启动甲型H1N1疫苗第一阶段接种工作， 首阶段的接种针对慢性病患者、幼童、老人、孕妇等高危人士，以及医务人员等前线工作人员。 在2009年11月23日至12月31日期间共有56,108人次接种了甲型H1N1流感疫苗。 在顺利完成第一阶段接种后，卫生局随即在2010年1月1日开始了第2阶段的接种工作，将免费接种对象扩展到所有6个月以上的澳门居民和在澳门就读的非居民，而在澳门生活、工作的非居民则可付费接种。 卫生局除在卫生中心、仁伯爵综合医院、镜湖医院以及工人医疗所提供接种外，亦派出外勤接种队到政府机构、大型公司提供接种。 在第2阶段接种开始初期，平均每个工作日接种人次有3000。但在邻近地区和本澳接种后不良事件被渲染报导后，接种人次大幅降至每日不足1000。截至2月28日，累积共有 113,767 人次接种了甲型H1N1流感疫苗，包括4897名非本地居民。其中4730人是非本地雇员，其中167人是需支付300元费用的旅客，其馀人士则需支付50元费用。 卫生局十分重视该疫苗的安全性，要求医疗机构密切留意和报告接种后不良事件的情况。截至2月28日，卫生局共收到82例较严重的不良事件的报告，大多数为发热、头痛、皮疹等轻微反应，有7例为晕针(对注射的紧张反应)。一名78岁本身有高血压、糖尿病、慢性等功能衰竭病人，在接种后2日因急性心力衰竭死亡。经专家小组研究分析，已排除由流感疫苗引起。 本澳使用的甲型H1N1疫苗是由欧盟药监局批准上市的。欧盟药监局监测该疫苗在欧洲世界各地的使用情况，至今没有发现严重的安全性问题。 欧盟药监局对该疫苗的使用仍持正面态度。 根据流感病毒的特性，预计新的甲型H1N1流感病毒会持续流行数年乃至数十年，直至被另一种新的病毒取代。未感染或未接种疫苗的人士，仍有机会在将来受到感染。由於感染者有约千分之一的机会出现严重症状，万分之一机会出现死亡，卫生局仍建议未接种的人士尽快接种。 由3月1日起，卫生局卫生中心将停止在节假日提供接种，但将在各卫生中心、仁伯爵综合医院、镜湖医院以及工人医疗所於办公时间内继续提供接种，直至今年11月疫苗有效期届满为止。屇时预计将有新型的流感疫苗上市。
