长期以来，卫生局便十分重视加强与非牟利和私人医疗机构的合作，致力透过加强合作关系，继续推行政府和非政府医疗系统并行发展的策略，为居民提供适切的医疗服务。目前，与卫生局成功建立合作关系的非牟利和私人医疗机构的范围与项目是广泛的，如镜湖医院、工人医疗所、街坊会诊所、同善堂医疗所、归侨总会诊所等，及由各类私人诊所和化验所提供的医疗服务。 卫生局与科大医院签订合作协议，开设卫生局仁伯爵综合医院离岛急诊站，於2011年2月8 日正式签署生效。 协议标的为：卫生局与科大医院同意合作，在科大医院内设立仁伯爵综合医院的离岛急诊和住院康复服务。 合作范围包括：在离岛政府医院设施落成启用前，科大医院同意向卫生局提供设施，让仁伯爵综合医院在科大医院内设立、管理和运作首阶段的离岛急诊，以及次阶段的康复住院服务；科大医院向卫生局提供地方，医疗设备及设施以满足急诊的需要等。 在是次合作协议中，卫生局主要考虑了以下几个有利条件： 首先，规划中的离岛医疗综合体的选址，位於路氹连贯公路近石排湾水库与东亚运体育馆之间的地段，比较其他可供选择的合作地点，科大医院具有地理上的便利条件，可有效地在离岛医疗综合体未完成兴建前，填补为广大居民所需服务的空白。 其次，科大医院周边设施相对完善，院内各项医疗配套及既有设备，包括：相对完善的化验室可提供24小时血液化验、影像检查如X光检测、CT(电脑断层扫描)及超声波等，将有效给予急诊站足够的支援；一般情况下，现时的医疗设备约五年左右就更新换代，故五年过后，尤其是电子产品比较多的医疗设备，其换代更新的周期可能更短。 第三，为配合离岛医疗综合体的发展，结合现实条件与需要，租借并不局限於场地的使用，还包括上述各项必要的医疗配套和设备等，同样地，租金也不限於场地的使用，还包括各项仪器、现套设施和设施折旧等等。 目前，急诊部设於科大医院地下层，占地约7176平方尺，首阶段设有：抢救室、创伤室、观察病房各1间，其中观察病房设有10张病床；4间半开方式诊室；候诊室、分流站、隔离候诊区及诊室各一间（处理发热病及传染病病人）；各类急救设备，包括呼吸机、心脏除颤器、生命体徵监测仪。第四层（三楼）为康复病房，设有90张病床。相关收费，卫生局将按照协议规定以实报实销的方式予以收取并不设包底制度，收费水平基本与目前仁伯爵综合医院的水平相若；据现行法例，免费获得医疗卫生服务的本澳居民可免费使用急诊医疗服务（包括药物）。其他市民或非本地居民，则另据法例规定收取费用。 协议涉及的租金，租用面积约为37,000平方尺，每月租金为91万元，平圴尺价约为24.62元/平方尺；租用面积包括科大医院的第一层（地面层）的E、G、M诊室区及相应设施，以及第四层（三楼）全部空间。
