卫生局於2011年1月至3月期间，为522名在九澳居住、工作和就学人士进行健康检查。该健康检查是根据环保局聘请的顾问公司对九澳环境因素影响评估结果，同时亦谘询过香港和内地卫生部门、学术机构的专家意见来设计。检查内容包括问卷调查、医生问诊、体格检查、血液和尿液检查（包括血细胞、肝、肾功能和血铅等）。4月11日开始已陆续将检查报告交给受检查人士，安排需要复诊人士复诊。 有关健康报告内容以简单易明为主，参加者如要了解报告的具体数据，需由卫生局医生作当面讲解。至於，有1位九澳居民健康检查时发现有问题需作专科跟进而被要求收费一事，卫生局表示，因程序出现问题导致误解，将主动和该名居民联络把检查费用返还给他。 针对检查结果的分析总结，卫生局表示，已完成初步报告，分析显示包括九澳残障和老人院舍院友在内的522名受检者中，男性和女性贫血者比例分别为6.3% 和13%，转氨酶异常（肝功能的一种指标）比例为2.9%，肌酐异常（肾功能的一种指标）比例为1.5%。这些情况和过往本澳进行的人口健康调查没有明显差别。同时，在503位接受X光胸片检查的参加者中，有7名肺部异常需要进一步检查跟进，其中一名诊断为癌症，其他个案在进一步检查跟进中，目前没有恶性肿瘤的迹象。在九澳居住、工作和就学的人士虽然存在各种各样不适和疾病，但不论是否剔除年龄、性别等混杂因素影响，都没有发现越接近堆填区人士出现不适症状和检查结果异常越多的情况。 肺部发现癌症的病人为九澳教育/青年机构的中年女性，病理诊断为淋巴上皮瘤样癌。该种癌症多由EB病毒感染引起，原发部位多在鼻咽，但目前鼻咽部未发现异常。 此外，另有参加体检计划的人士分别有一位慢性髓样白血病和一位甲状腺癌病人，均来自九澳教育或青年机构，已在参加体检计划前被诊断及治疗中。慢性髓样白血病多和辐射暴露有关。甲状腺癌病人在多年前已被诊断为甲状腺瘤并接受甲状腺切除手术。参加者中尚有4人报告子宫肌瘤、3人报告乳腺纤维瘤或增生性疾病等常见良性肿瘤在最近4年发生。 卫生局表示，在接受健康检查人士当中约123人有异常情况，其中49人需要进一步跟进。而在这49人当中有19人需要到仁伯爵综合医院跟进包括3人要到耳鼻喉科、7人因肺部问题等，另外30人要在卫生中心跟进包括因为有高血压、糖尿病等。至於其他出现较轻微异常情况的人士，卫生局已向他们解释暂不需要跟进。 该报告正交由香港和内地学术机构的3名教授所组成的专家小组进行审阅，专家小组初步认为，参加者中各种疾病的发生情况，和其他人群没有明显差别，离堆填区较近地区活动的人士亦没有出现较病患较多的情况，故从目前资料来看，不能断定有关人士健康状况和飞灰有关，建议将结果和其他地区人士的健康状况作更深入比较研究。另一方面，考虑到有些环境有害因素的作用不会在短期内显现，建议对有关人士进行长期追踪并和其他人群作出比较，如没有出现不寻常的情况，才能排除飞灰引起的健康问题。 卫生局强调，将根据医疗专家小组意见制订长远的跟进计划，除跟进检查发现有异常人士的健康外，还会建立九澳居民健康资料库，定期评定该人群的健康情况，并和其他地区人士的健康状况进行比较。
