第2/1999號法律《政府組織綱要法》第三條及第二十一條，第6/1999號行政法規《政府部門及實體的組織、職權與運作》，以及第13/2025號行政法規《公共部門及實體的設置及組織架構的一般制度》制定了一套規範公共部門及實體的組織架構制度。
第13/2025號行政法規所訂定的一般制度適用於澳門特別行政區所有公共部門及實體，同時，經必要配合後，亦補充適用於行政長官辦公室、司長辦公室、行政會秘書處、廉政公署、審計署、警察總局、海關、澳門特別行政區駐外辦事處、立法會輔助部門、終審法院院長辦公室、檢察長辦公室、澳門大學、澳門理工大學及澳門旅遊大學，以及離島醫療綜合體北京協和醫院澳門醫學中心。
公共部門及實體的設立、重組、合併及撤銷應遵守下列原則：
1） 職能明確原則：在組織法規中明確訂定公共部門及實體的職責、權限及責任，避免職能重疊或缺失；
2） 精簡高效原則：性質相同或相近，又或關係密切的職能集中由同一公共部門及實體履行，並按照該公共部門及實體的職能合理地配置其架構及人員；
3） 相互配合原則：各公共部門及實體互相合作處理涉及跨部門的事務，並可設置相應的工作協調機制，以體現澳門特別行政區政府的整體性；
4） 創新服務原則：持續評估並採取適當措施，尤其是智能化、市場化與社會化手段，以提升公共服務的效率及質量，促進管理制度創新。
設立或重組政府部門時，應按照其職能的內在關係、專業分工與流程管理準則等，合理訂定該部門的整體職能，且應通過職能融合、架構調整或業務流程簡化等，落實運作機制改革及實現效能提升。政府部門的組織法規應包括下列內容：
1） 性質及職責；
2） 監督實體；
3） 組織架構；
4） 領導機關及倘有的其他機關的職權；
5） 附屬單位的職權；
6） 人員編制。
一般情況下，政府部門均不具有法律人格，且不享有行政、財政及財產自治權，但法例另有規定者除外。