廉政公署是一獨立工作的機構，廉政專員由行政長官提名並報請中央人民政府任命，對行政長官負責（《澳門基本法》第五十條第六項及第五十九條）。
廉政公署的主要職責和權限為：開展預防及遏止在公共部門及私營部門發生貪污犯罪及與貪污相關聯的欺詐犯罪的行動；針對由公務員實施的貪污犯罪及與貪污相關聯的欺詐犯罪、在私營部門發生的貪污犯罪及與貪污相關聯的欺詐犯罪，以及在因應澳門特別行政區機關選舉而進行的選民登記及有關選舉中實施的貪污犯罪及與貪污相關聯的欺詐犯罪，依刑法及刑事訴訟法進行調查及偵查；執行行政申訴工作，以促使人的權利、自由、保障及正當利益得到保護，並確保行使公權力的合法性及公共行政的公正與效率；進行宣傳教育工作，以預防在公共部門及私營部門發生的貪污犯罪及與貪污相關聯的欺詐犯罪，以及行政違法行為，並推動市民採取預防措施及避免利於犯罪行為發生的各種行為及情況（經第4/2012號法律修改的第10/2000號法律第三條和第四條）。
審計署亦為一獨立工作的機構，審計長由行政長官報請中央人民政府任命，對行政長官負責（《澳門基本法》第五十條第六項及第六十條）。
審計署主要職責是對澳門特別行政區政府預算執行情況進行審計監督，並對審計對象進行“衡工量值式”的審計監督，即對其履行職務時所達到的節省程度、效率和效益進行審查（第11/1999號法律第三條）。