鑑於甲型H1N1流感疫情發展，按照特區政府的抗疫策略，為全力防範疫症在本澳蔓延，維護兒童及市民的安全與健康，2009年度六一國際兒童節組織委員會決定取消本年五月三十日(星期六)於綜藝館舉行、慶祝一年一度國際兒童節的大型園遊會活動，而預定在當日進行的“六一國際兒童節創意填色比賽”頒獎禮則會順延舉行。此外，於六月一日(星期一)早上舉行的“參觀解放軍駐澳部隊氹仔軍營及升旗禮”亦會予以取消。而由母親會贊助於六月一日(星期一)下午探訪仁伯爵綜合醫院兒科及鏡湖醫院兒科並向有關兒童贈送禮物的活動，則改由兩間醫院代為轉送予住院院童及新生兒童。 政府部門 活動 安排 日期 名稱 民政總署 5月29日 參與民政總署公開會議 取消 5月30日及6月1日 免費使用泳池 免費乘搭松山纜車 免費使用兒童電動車 如期舉行 取消 如期舉行 消防局 5月18日至24日 參觀消防博物館 如期舉行 海事博物館 5月25日、27日至 31日及6月1日 免費參觀海事博物館 如期舉行 廉政公署 5月25日至6月8日 廉政熊威廉陪你過兒童節 如期舉行 旅遊局 6月1日 參觀大賽車博物館及葡萄酒博物館 取消 2009年度六一國際兒童節組織委員會期望社會各界能夠諒解上述安排，並對本澳市民及社團機構多年以來對有關活動的支持表達深厚的謝意。
