流感大流行是世界各國公認的對公共衛生影響最大的疾病。流感病毒是極易傳播的病毒，當一種新的流感病毒出現並可在人類有效傳播時，就會形成世界性的大流行。在20世紀以來人類發生的三次流感大流行，每次均對人類造成巨大的影響，其中以1981的的一次最為嚴重，造成全球超過2000萬人的死亡。因此世界各國政府均十分重視流感大流行的準備和應對工作。流感疫苗接種是防控流感最好的措施。 新的甲型H1N1流感在2009年4月在墨西哥流行時，造成了嚴重的後果。2009年6月世界衛生組織宣佈新的流感大流行出現時，衛生局已開始通開公開招標訂購流感疫苗。根據近年來流感疫苗的研發經驗，人體對新流感病毒制成的流感疫苗反應較差，需要2劑接種才有效。當時世界各國專家均認為，每人要接種甲型H1N1流感疫苗2劑才有效。為了確保每位居民都應受到保護，衛生局按每位2劑的數量訂購了1百萬劑甲型H1N1流感。2009年9月份各地的臨床試驗結果出爐後，發現大部分人只需要1劑，老人和兒童才需要接種2劑，衛生局立刻和供應商商議，退回30萬劑疫苗，將疫苗的採購量減少至70萬劑。至2010年1月，由於疫情相對溫和，很多巿民又擔心不良反應，接種的人數未如預期，故此衛生局和藥廠磋商將供應總量減少至45萬。此數量可滿足一旦疫情突然加重時巿民接種意欲增加的情況。 目前澳門已接種了115628劑甲型H1N1流感疫苗，占採購量的25.7%，成績較鄰近地區稍好。近期鄰近地區仍不斷出現包括過往健康良好的甲型H1N1流感患者重症和死亡的個案，而澳門則沒有類似的情況出現，這和本澳較高的接種率不無關係。 衛生局強調，世界各地監測和研究結果進一步證實甲型H1N1流感的安全性；雖然大部分感染甲型H1N1流感的病人病情不重，但仍有出現重症和死亡的風險，衛生局仍建議未接種的人士接種。衛生局將繼續提供甲型H1N1流感疫苗接種直至今年9至11月份疫苗有效期届滿為止。 由於預計不會再有太多的巿民接種，衛生局正考慮和世界衛生組織商議，將部分剩餘的疫苗捐贈予有需要的國家和地區；同時正考慮和供應商商議，探討在未來數年內以同等金額的季節性流感疫苗和其他疫苗進行交換的可能性。
